Em 2006, o valor da Bolsa de Residência Médica era de R$ 1.459,58 (sem descontos), dos quais cabiam à Secretaria Estadual da Saúde 80% (R$ 1.167,67), pagos através da FUNDAP, e à PUC cabiam os 20% restantes (R$ 291,91).
Após a Greve de 2006, a Bolsa foi reajustada para R$ 1.916,45 (sem descontos). A modificação da Lei Federal através do Decreto 51.489 alterou a divisão percentual da mesma e estabeleceu que a Secretaria de Estadual de Saúde responderá por 84,768% do novo valor da Bolsa (R$ 1.624,54) pagos através da FUNDAP, e os 15,232% restantes (R$ 291,91) serão pagos pela PUC.
Dessa forma, o valor a ser pago pela PUC permanece o mesmo, arcando a Secretaria com a íntegra do reajuste concedido.
Por se tratar de instituição filantrópica, ao invés dos 11% esperados, a PUC desconta 20% do valor que ela repassa para o INSS. Em alguns estados este desconto é optativo, e não compulsório. Essa é mais uma questão a ser discutida sobre a defesa dos interesses dos Médicos Residentes em nível Nacional.